Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) Universitas Muslim Indonesia dibentuk berdasarkan SK Rektor No: 0118/H.20/UMI/2006. Tugas utama lembaga ini adalah mengembangkan dokumen sistem penjaminan mutu pendidikan tinggi berdasarkan konsep "peningkatan mutu berkelanjutan" (continuous quality improvement). Dalam menjalankan fungsinya, LPM akan bertindak sebagai "Management Representatif" universitas dalam mengelola dan mengendalikan fungsi-fungsi sistem manajemen mutu di seluruh unit/level manajemen UMI.

Bentuk pengelolaan dan pengendalian yang dimaksud adalah dengan menjalankan fungsi Monitoring dan Evaluasi Internal melalui mekanisme Audit Mutu Internal (AMI) untuk memastikan bahwa setiap unit telah menjalankan proses penjaminan mutu berdasarkan visi-misinya. Untuk itu, lembaga ini bertanggungjawab untuk melakukan proses pendampingan, asistensi dan evaluasi hasil pengembangan dokumen akreditasi bagi setiap program studi dalam lingkungan UMI. Untuk menjalankan sistem penjaminan mutu tersebut, UMI mengadopsi sistem manajemen mutu menggunakan standar ISO 9001:2009. Keputusan untuk mengadopsi standar ISO ini berdasarkan pertimbangan karena ruang lingkup sistem penjaminannya cukup komprehensif atau "total quality management".

Ruang lingkup dokumen sistem mutu yang dikembangkan meliputi seluruh unit/level dalam institusi, yang secara garis besar, spektrum ini terdiri dari 2 (dua) aspek yaitu penjaminan mutu manajemen dan penjaminan mutu akademik.

Secara umum, peningkatan mutu di UMI bertujuan untuk meningkatkan mutu pengelolaan, administrasi, manajemen dan akademik sehingga dapat meningkatkan kepuasan stakeholders.